[헌재] 법인세법 제29조 제1항 제4호 등 위헌확인(2009.04.30,2006헌마1261)(각하)

 

[헌재] 법인세법 제29조 제1항 제4호 등 위헌확인(2009.04.30,2006헌마1261)(각하)

헌법재판소 전원재판부는 2009년 4월 30일 관여 재판관 전원의 일치된 의견으로 의료법상의 의료법인인 청구인들의 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제73조 제1항 제2호, 제13호, 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 것) 제107조 제1호, 제245조의2, 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항 제2호, 지방세법 시행령(1988. 5. 7. 대통령령 제12477호로 개정된 것) 제207조에 대한 헌법재판소법 제68조 제1항의 헌법소원심판청구를 모두 각하하는 결정을 선고하였다.

1. 사건의 개요

청구인들은 의료법 소정의 의료법인들로서, 기부금에 대한 과세 특례의 적용대상을 정한 구 조세특례제한법 제73조 제1항 제2호, 제13호, 고유목적사업준비금의 손금산입 특례의 적용대상을 정한 구 조세특례제한법 제74조 제1항, 용도구분에 의한 취득세와 사업소세의 각 비과세 대상을 정한 지방세법 제107조, 제245조의2 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령 제79조 제1항, 지방세법 시행령 제207조 등이 대학병원 등 특별법에 의하여 설립된 법인에 대한 조세특례의 혜택을 부여하고 있음에 반하여 그와 성격이 다르지 않은 청구인들과 같은 의료법상 일반 의료법인을 그 적용대상에서 제외하고 있는 것이 자신들의 평등권과 재산권을 침해하여 위헌이라고 주장하면서 2006. 11. 8. 이 사건 헌법소원심판을 청구하였다.

2. 심판의 대상

이 사건 심판대상은 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제73조 제1항 제2호, 제13호, 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제107조 제1호, 제245조의2 제1항 제1호, 구 지방세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’ 이라 한다) 제79조 제1항 제2호, 지방세법 시행령(1988. 5. 7. 대통령령 제12447호로 개정된 것, 이하 ‘지방세법 시행령’이라 한다) 제207조(이하 ‘이 사건 법률조항들’ 이라 한다)가 청구인들의 기본권을 침해하는지 여부이다.

구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

제73조 (기부금의 과세특례) ① 내국인이 2006년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 기부금을 지출한 경우에는 당해 과세연도의 종합소득금액에서 기부금으로 지출한 금액을 공제하거나, 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이월결손금을 차감한 후의 소득금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액의 범위 안에서 이를 손금에 산입한다. 이 경우 종합소득금액에서 기부금으로 지출한 금액을 공제함에 있어 그 공제금액은 종합소득금액에서 「소득세법」 제34조 제2항의 규정에 의한 기부금을 공제한 금액에 100분의 50(제1호의 경우에는 100분의 100)을 곱하여 계산한 금액을 한도로 하고, 기부금 손금산입 한도액을 계산함에 있어서 제1호의 기부금은 「소득세법」 제34조 제2항의 기부금으로 본다.

2. 법인이 다음 각 목의 병원에 시설비·교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금가. 「사립학교법」에 의한 사립학교가 운영하는 병원

나. 「국립대학병원 설치법」에 의한 국립대학병원

다. 「서울대학교병원 설치법」에 의한 서울대학교병원

라. 「서울대학교치과병원 설치법」에 의한 서울대학교치과병원

마. 「대한적십자사 조직법」에 의하여 설립된 대한적십자사가 운영하는 병원

13. 국립암센터법에 의한 국립암센터에 지출하는 기부금

제74조 (고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제29조의 규정을 적용함에 있어서 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업 시설 안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥및산학협력촉진에관한법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조에 의한 비영리법인

2. 사회복지사업법에 의한 사회복지법인

3. 국립대학병원설치법에 의한 국립대학병원, 서울대학교병원설치법에 의한 서울대학교병원, 서울대학교치과병원설치법에 의한 서울대학교치과병원 및 국립암센터법에 의한 국립암센터

지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 것)

제107조 (용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제245조의2 (용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 사업소세를 부과하지 아니한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 관계되는 재산할 및 종업원할은 그러하지 아니하다.

구 지방세법 시행령(2006. 12. 30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것)

제79조 (비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

2. 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

3. 「사회복지사업법」의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인

지방세법 시행령(1988. 5. 7. 대통령령 제12447호로 개정된 것)

제207조 (비영리사업자의 범위) 법 제245조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조 제1항 제1호 내지 제7호의 규정에 의한 사업자를 말한다.

3. 결정이유의 요지

(1) 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호

구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호는 내국법인의 기부금 손금산입에 관한 조세특례 조항인바, 위 조항에 의하여 기부금의 손금산입을 받을 수 있는 자, 즉 위 조항의 수범자는 기부의 주체인 내국법인이며, 기부의 상대방이 되는 청구인들과 같은 의료법상 의료법인은 위 조항의 직접적인 수범자가 아니다.

설사 기부의 주체가 구 조특법 제73조 제1항 제2호, 제13호 소정의 의료법인에 대하여 기부를 하는 경우, 청구인들과 같은 일반 의료법인에 대하여 기부하는 경우에 비하여 넓은 범위에서 손금산입을 받을 수 있게 됨에 따라 구 조특법 조항 소정의 의료법인에 대한 기부를 더 선호하도록 하는 유인으로 작용하게 되고, 그로 인하여 청구인들이 상대적으로 기부를 덜 받게 되는 결과가 야기된다고 하더라도, 이는 간접적, 사실적 또는 경제적인 불이익에 불과하다고 할 것이고, 법적인 불이익이라고 할 수 없다. 따라서 청구인들의 이 부분 청구는 자기관련성을 흠결하여 부적법하다.

(2) 구 조특법 제74조 제1항 제1호 내지 제3호, 지방세법 제107호 제1호, 제245조의2 제1항 제1호 등

조세법령의 경우에는 과세관청의 부과처분에 의하여 조세채무가 확정되는 부과과세 방식이나 납세의무자가 스스로 조세채무의 성립요건의 충족을 확인하고 이에 관계 세법을 적용하여 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무를 확정시키는 신고납세 방식을 불문하고 과세처분이라는 구체적인 집행행위를 매개로 하여 기본권을 침해하는 것이고, 그 자체로 직접 기본권을 침해하는 것이 아니므로 직접성이 인정되지 않는다.

법인세는 신고납세 방식의 조세인바, 구 조특법 제74조 제1항 제1호 내지 제3호는 위 조항 각호에 게기된 법인에 대하여 법인세법 제29조 제1항 제3호의 고유목적사업준비금의 손금산입 범위에 비하여 넓은 범위 내에서 손금산입이 가능하도록 한 조세특례 조항이다. 취득세 및 사업소세 또한 신고납세의 방식의 조세로서, 지방세법 제107조 제1호, 구 지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호는 취득세의 비과세 요건을 정한 규정이고, 지방세법 제245조의2 제1항 제1호, 지방세법 시행령 제207조는 사업소세의 비과세 요건을 정한 규정이다.

결국 위 조항들은 모두 신고납세 방식의 조세법령에 대한 특례조항으로, 기본권 침해의 직접성이 인정되지 않는바, 이 부분 헌법소원심판 청구는 부적법하다.